Existen tres tipos de autopsias con finalidades diferentes.

1. Autopsia médico-legal o judicial o forense, regulada en España por la Ley de Enjuiciamiento Criminal (art. 343, 349, 353 y 778), ordenada por el juez, cuya finalidad es establecer la causa de la muerte, en tipos de muertes violentas o de sospechosas de criminalidad, muertes en las que no se ha expedido el certificado de defunción.
2. Autopsia clínica, regulada en España por la Ley 29/1980, de 21 de junio, y el Real Decreto 2230/1982, de 18 de junio, tiene como objetivo establecer la correlación clínica-patológica, estudiar el curso y la extensión de un proceso, su posible modificación tras los tratamientos indicados y servir de apoyo para la formación del personal sanitario. Para su realización es necesario el consentimiento familiar. Pueden ser hospitalarias ( de pacientes ingresados) o extrahospitalarias (de pacientes no ingresados en el propio hospital por ejemplo en el Servicio de Urgencias, Hospitalización Domiciliaria, Centros de Salud/domicilios) o de pacientes provenientes de otros hospitales: autopsias clínicas extrahospitalarias. Es necesario que el médico correspondiente certifique la muerte y requiera de la necesidad de realizar una autopsia. El coste de una autopsia clínica va desde los 250 € por la autopsia de un feto hasta los 2500 € de una enfermedad priónica.

a) Autopsias fetales son las autopsias clínicas practicadas a los fetos fallecidos en fase fetal intermedia o tardía. Se suele seguir un criterio de viabilidad para hacerlas. De este modo, se realizarán todas aquellas muertes fetales tempranas de más de 22 semanas de gestación o de más de 500 g de peso. Si no cumplem estos criterios, corresponden a fetos que no son viables y son por tanto abortos, siguiendo los criterios de la OMS y del Ministerio de Sanidad y Consumo, y deberían, por tanto, considerarse como biopsia.

3. Autopsia docente, se realiza en las facultades de ciencias de la salud, en los servicios de donación del cuerpo a la ciencia. Tiene un objetivo docente en el estudio de la anatomía para los estudiantes.